Lida com as relações entre as empresas. Cerca de 80% do e-commerce é desse tipo, e a maioria dos especialistas prevê que o B2B vai continuar a crescer mais rápido do que o segmento B2C. O mercado B2B tem dois componentes principais: infraestrutura e mercados eletrônicos. Sua arquitetura se consiste no seguinte:

Logística: transporte, armazenagem e distribuição;
 Aplicação prestadores de serviços: de implantação, hospedagem e gerenciamento de
pacotes de software, a partir de uma instalação central;
 Terceirização de funções no processo de e-commerce, como a Web-hosting, segurança
e soluções de atendimento ao cliente (por exemplo, fornecedores de outsourcing, como
eShare, NetSales, Acesso Universal);
 Software de leilão soluções para a operação e manutenção de leilões em tempo real na
Internet (por exemplo, Moai Technologies e OpenSite Technologies);
 Software de gerenciamento de conteúdo para a facilitação da Web de gestão de
conteúdo do site e da entrega (por exemplo, Interwoven e ProcureNet) e
 Facilitadores Web-based de comércio (por exemplo, Commerce One, e software de
automação de compra).

B2B ou e-mercados são simplesmente definidos como sites da Web onde compradores e vendedores interagem uns com os outros.